No exame de de microscopia especular realiza-se uma análise quantitativa e morfológica da camada mais interna da cornea (endotélio). As células endoteliais da córnea não se regeneram e têm um ritmo de perda de acordo com a idade. A perda de células endoteliais acentua-se em algumas doenças da córnea, com o uso de lentes de contato, cirurgias ou traumatismos. Estas células são responsáveis pela boa função da córnea, a mantendo transparente.
O exame é indicado na avaliação pré-operatória de catarata, transplantes de córnea, alguns tipos de cirurgia refrativa e no acompanhamento de algumas doenças da córnea que possam causar lesão endotelial.